自闭症的治疗最好的方法，就是以康复训练、行为矫正为主，药物及补充剂治疗为辅，两者密切结合的综合干预方法。
6岁之前是自闭症儿童康复训练的黄金期，只要确诊是自闭症，就要立即开始康复训练，越早越好，可以到正规康复机构进行训练。康复中心的医生与老师，会针对小儿在症状、智力、行为等方面的具体表现，来进行评估，制定个体化的康复训练计划。
训练的目的是培养小儿生活自理与独立生活能力，减轻其残疾程度，提高生活质量。要让自闭症患儿，在成年后能够具有独立学习、工作和生活的能力。有其他躯体症状的孩子，还需要配合药物和心理疗法，辅助治疗，综合营养和饮食的干预。
目前还缺乏针对自闭症核心症状的特效药物，药物仅为辅助性对症治疗，用来改善自闭症患儿存在的情绪行为异常，比如情绪不稳、易激惹、多动、容易自伤，以及攻击性行为等，这类药物包括抗精神病的药物，如利培酮片和阿立哌唑片等。
