儿童大便失禁的主要原因是肛门先天性发育畸形，具体如下：
1、神经系统发育缺陷，先天性腰骶部脊膜膨出，或者脊椎裂，可伴有肛门失禁，患儿肛门外括约肌、耻骨直肠肌失去正常神经支配，没有收缩功能，处于弛缓状态，且由于感觉和运动系统均受到影响，直肠黏膜在粪便充盈时，缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便的动作，直肠内粪便随时排出，此种病儿往往伴有尿失禁。
2、肛门直肠畸形，肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂，高位畸形时，直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位，肛门内括约肌缺如，或者仅处于雏形状态，肛门外括约肌多处于松散状态，期间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱，肛门直肠畸形特别是高位畸形，伴有骶骨畸形，致神经功能缺陷者并不少见，如泄殖腔畸形。
