十二指肠溃疡的病因，主要是由于胃酸、胃蛋白酶的侵袭作用，与十二指肠黏膜的防御能力失去平衡，高胃酸激活胃蛋白酶消化能力超过了黏膜的防御能力，会消化自身肠黏膜，导致十二指肠溃疡。
在正常生理情况下，胃十二指肠溃疡经常接触强侵蚀力的胃酸，和在胃酸环境下，被激活的胃蛋白酶。
此外，还经常受摄入的各种有害物质的侵袭，但却能抵御这些侵袭因素的损害，维持黏膜的完整性。这是因为胃及十二指肠黏膜，具有一系列的防御和修复机制。
研究已明确幽门螺杆菌和非甾体类抗炎药，是损害胃及十二指肠黏膜屏障，从而导致消化性溃疡发病的最常见病因。当胃酸分泌超过黏膜的防御和修复作用，也可能导致消化性溃疡的发生。
胃镜检查是确诊消化性溃疡首选的检查方法，胃镜可以对胃及十二指肠的黏膜直接观察、摄像，还可以在直视下取活组织做病理学检查，及幽门螺杆菌检测。
