尿里有细菌首先需要考虑尿里有细菌的原因。如果是采取标本时污染造成的，就需要再次采集标本，留取中段尿，这样就可以避免污染。
一般尿里有细菌，考虑的都是泌尿系统的感染，这种情况都需要使用抗生素进行治疗。选择抗生素一般都是先根据临床症状，选择经验性的抗生素，然后再根据尿液培养的结果，选择敏感性的抗生素。
常用的抗生素有头孢克洛缓释胶囊、氧氟沙星、磷霉素氨丁三醇散，多数患者在经过治疗以后，尿里的细菌就会明显地减少。
此外，女性的尿道更短，更容易发生泌尿系统的感染，造成尿里有细菌，从而引起尿路感染，造成尿里细菌升高，同时还会出现尿频、尿急、尿痛，甚至发热、腰痛等症状，还有的患者会出现肉眼血尿。
还有一种比较特殊，就是无症状菌尿，又称为隐匿性菌尿，是一种比较特殊的尿路感染，比如老年人、儿童或者存在下尿路功能障碍的，还有留置导尿管的患者，尿里面经常发现有细菌，但是又没有临床症状，对于这些患者，一般不用治疗，定期观察即可。
