磷酸铵镁结石和其他结石一样，可以吃排石冲剂，或者友来特也就是枸橼酸氢钾钠，来抑制结石的生长。
磷酸铵镁结石，是一种感染性的结石，比较疏松和多孔，容易造成泌尿系统的感染。如果结石处在肾盂或者输尿管内，可以采用体外冲击波碎石，把结石打碎，然后再配合多喝水、多排尿、多做跳跃运动，把结石排出来。如果结石比较大，是铸状结石，一般需要做经皮肾镜，或者输尿管镜来进行治疗。
磷酸铵镁结石，是一种感染性的结石，所以在治疗之前，一定要有效地控制感染，可使用头孢类或者喹诺酮类抗生素，避免在治疗的过程中造成细菌的蔓延，严重的还会造成感染性休克，危及生命。
磷酸铵镁结石的复发率比较高，在40%左右，所以预防就显得特别重要。患者应该每天大量多喝水，要喝2000mL以上的水，同时可以服用枸橼酸氢钾钠、苹果汁，来酸化尿液。
需要注意的是磷酸铵镁结石在碱性尿液中比较容易形成，因此患者不能喝碱性的饮料，比如橙汁、可乐等。平时还是要控制好感染，根据尿培养的结果，选择合适的抗生素，并且定期复查彩超，在结石还是小结石的时候，把它处理掉。
