卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，属于卵巢型内异症，卵巢最易被异位内膜侵犯，约80%病变累及一侧，累及双侧占50%。卵巢的异位内膜病灶分为两种类型，一是微小性病变，位于卵巢浅表层的红色、蓝色或棕色等斑点或小囊，病灶只有数毫米大小，常导致卵巢与周围组织粘连，手术中刺破后有黏稠咖啡色液体流出。
典型病变型又称囊肿型，因为内膜在卵巢皮质内生长形成单个，或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿。囊肿表面呈灰蓝色，大小不一，直径多在5cm左右，大致10-20cm，典型情况下，陈旧性血液聚积在囊内，形成咖啡色粘稠液体，俗称卵巢巧克力囊肿。
因囊肿周期性出血，囊内压力增大，囊壁易反复破裂，破裂后囊内容物刺激腹膜，发生局部炎性反应和组织纤维化，导致卵巢与邻近器官组织紧密粘连，造成囊肿固定不活动，手术时囊壁极易破裂，这种粘连是卵巢子宫内膜异位囊肿的临床特征之一。
