脾胃消化不良的患者通常不需要治疗，胃胀不适的表现常常在数小时以后自行缓解或者消退。但仍需要注意纠正不良的饮食习惯，对于消化不良表现严重或者无法自行缓解的患者，则需要进行干预治疗。其治疗目的在于迅速缓解症状，提高患者的生活质量，去除诱因，恢复正常生理功能，预防复发。
临床上对于器质性和功能性消化不良，采用中西医联合不同的治疗方法，对于器质性的消化不良的患者要先明确病因，积极治疗原发病，辅以护胃及对症处理。对于功能性消化不良的治疗，主要是对症处理，如上腹痛、胃灼热、反酸，主要以H2受体阻滞剂或质子泵抑制剂来治疗。上腹胀、恶心的情况需以促动力的药物，比如多潘立酮、保和丸、山楂化滞丸等来治疗，同时要注意纠正不良饮食习惯。对于上腹胀伴有嗳气，与情绪有关的患者，要采用心理疏导的办法，或加用抗抑郁的药物来治疗。对于痉挛性的上腹痛，用丁溴东莨菪碱、硝酸甘油等药物来治疗。需要指出的是消化不良伴有幽门螺杆菌感染的情况，需要根除幽门螺杆菌。
