头部做核磁共振能够检查出头部的许多疾病，比如占位性病变，包括良性占位性病变以及恶性占位性病变，都可以检查出来。良性占位性病变最常见的就是脑膜瘤，恶性占位性病变老年人最常见的就是转移瘤，中青年人比较常见的就是脑内的胶质瘤。通过做磁共振能够显示出病变的大小、形态、信号、与周围组织结构的关系，如果做增强磁共振，还能显示出血供情况、供血动脉，都可以显示出来。
此外，做磁共振还能发现缺血以及出血性疾病，比如脑梗死、脑缺血性病变、脑出血、硬膜外或硬膜下出血、脑挫裂伤、蛛网膜下腔出血，这些急症情况做核磁共振也可以发现。磁共振的软组织分辨率比较高，但是价格是相对来说比较昂贵。在检查前要去除体外的金属物品，包括手机、钥匙、磁卡、硬币等。在做头部磁共振的时候要配合医生指令，保证一动不动的状态。
