对于口腔黏液腺囊肿的诊断主要是依赖于患者的临床表现和口腔科的专科检查。首先要明确黏液腺囊肿的典型发病部位，好发于舌尖部的腹侧和下唇内侧的黏膜。这个部位发生的囊性病变，容易使黏液腺囊肿。
其次黏液腺囊肿通常是在口腔黏膜下可以看到比较小的、透明的、像水泡一样的小肿物，如果这些肿物有过破裂，或者是把它刺破了，会流出一些黏性的分泌物，就像唾液浓缩以后形成的液体。如果有这种黏性囊肿反复破溃，然后反复愈合的情况，可能逐渐地肿物变得不再透明，表面黏膜因为瘢痕化显得比较厚韧，摸上去比较硬，这是反复发作的黏液腺囊肿的临床表现。
在询问患者的时候，往往可以得到患者有过口腔黏膜受损伤，尤其是咬伤或者食物划伤的这种可能性。一般是因为受伤以后黏膜愈合导致了黏液腺的分泌管堵塞，分泌不通畅，导致了黏液腺囊肿的形成。所以对黏液囊肿来说，一般是根据典型的发病部位，临床症状，检查的时候发现典型的临床表现来进行诊断。一旦确定为黏性囊肿以后，一般建议做手术治疗，完整切除囊肿及周围增生的黏液腺。
