可以用于骨肉瘤化疗的方案有很多种，为了增加治疗疗效，主要是采用联合化疗方案来治疗骨肉瘤，比如临床上常用的ap方案和iap方案，就能够杀伤骨肉瘤的细胞。其中ap方案，主要是采用阿霉素和注射用顺铂来治疗骨肉瘤。而iap方案是在ap方案的基础上，又加入了异环磷酰胺，能够增加杀伤骨肉瘤细胞的作用。
此外，在骨肉瘤手术之前，还可以采用术前联合化疗，从而增加手术中保留肢体概率，延长病人术后生存时间。手术前的化疗方案，常常是采用大剂量的甲氨蝶呤联合注射用顺铂和阿霉素、异环磷酰胺的化疗方案。通过这样大剂量的化疗，可以控制骨肉瘤的病变发展，增加手术切除的成功概率。而在手术之后，还可以采用大剂量甲氨蝶呤联合注射用顺铂、阿霉素、异环磷酰胺进行术后辅助化疗，清除体内可能存在的残余恶性肿瘤细胞，使病人生存期能够获得明显延长。
