恶性黑色素瘤病人在使用干扰素治疗的过程中，可能会出现一定的副作用，比如使用干扰素，尤其是使用大剂量干扰素治疗的病人，常常可以出现发热的现象，而这种发热可能是轻到中度的发热，也可以伴有高热的情况。还有一些病人在应用干扰素治疗之后，可能会出现骨髓轻度的抑制，可以表现为白细胞或者中性粒细胞减少，甚至出现血小板减少的情况，需要密切关注。
此外，如果干扰素采用局部皮下注射，或者肌肉注射的方式，可以出现注射局部的疼痛症状。大剂量干扰素治疗之后，病人可以出现周身无力、食欲减退的现象，而长期地大剂量应用干扰素可以有脱发的现象，脱发的程度是轻度到中度的脱发。有的病人在使用干扰素治疗之后，还可能会出现甲状腺功能的失调，常常发生甲状腺功能减退，有少数病人甚至可以出现抑郁症。有一些病人在应用干扰素长期治疗之后，可能出现肝功能或者肾功能异常，还有很少量的病人可能会对干扰素出现过敏的现象。
