新冠指的是新型冠状病毒感染，儿童感染新型冠状病毒后肚子疼可能与感染后机体免疫力下降，并发胃肠炎有关，但也不能排除新型冠状病毒直接刺激胃肠道，导致胃肠道功能失调出现腹痛症状，此时应当根据儿童的具体症状以及检查结果来进行判断。
若患儿在新型冠状病毒感染后，机体免疫力下降，同时进食不洁食物，导致胃肠道受到细菌刺激，并发胃肠炎，此时儿童除腹痛症状外，还可能存在腹泻。可以及时前往医院感染科就诊，完善血常规以及粪便检查后，可明确细菌感染情况，积极使用抗生素进行治疗，减轻胃肠道细菌感染症状，例如遵医嘱使用注射用青霉素钠、注射用阿莫西林钠克拉维酸钾等进行治疗，可以减轻胃肠道炎症，有助于缓解腹痛。若由于新冠病毒直接刺激胃肠道所致，一般不会存在明显血象升高的情况，此时可适当服用益生菌药物，调节肠道菌群平衡，减轻胃肠道受到的刺激，例如使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散等药物。疼痛严重者可使用解痉药物进行治疗，如颠茄片、消旋山莨菪碱片等。还可适当按摩腹部，对于缓解疼痛也有一定辅助作用。
除肚子疼症状外，若儿童还存在新型冠状病毒感染的呼吸道症状或全身症状时，可以根据儿童的症状，适当应用药物治疗。针对小儿发热，可使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚口服混悬液退热。若存在乏力症状，还可应用金花清感颗粒、连花清瘟颗粒、疏风解毒胶囊等进行治疗，但在使用药物前，尽量咨询医生，避免药物间相互作用影响治疗效果。
