短期使用苯佐卡因避孕套一般不会有什么副作用，但长期使用可能抑制局部神经，导致局部感觉下降，严重时还可能导致男性出现阳痿、早泄等症状，还可能会引起女性阴道和宫颈的炎症反应，出现白带异常、异味等症状。
苯佐卡因是一种表面麻醉剂，与阴茎接触可降低男性龟头敏感度。短期使用可以延迟男性射精时间，但若男性存在早泄症状，不应依赖于苯佐卡因避孕套，以免加重症状。应尽早针对疾病进行有效治疗，临床多通过α1肾上腺素能受体阻滞剂等药物，或通过阴茎背神经选择性切断术等手术方法进行治疗。由于心理问题产生性功能障碍的患者可以通过心理治疗改善症状。
此外，应注意对苯佐卡因过敏的人群需避免使用苯佐卡因避孕套，以免产生过敏导致局部瘙痒、过敏性皮炎，甚至过敏性休克等。若使用过程中产生不良反应，应及时取下，以免出现严重的不良反应，若症状严重且不消退，还应及时前往医院诊治。
