因为两者的作用机理是不一样的，所以不存在哪个好。肛泰栓是一个由中药材和西药制剂，比如小檗碱、罂粟碱混合制成的外用的药物，主要具有凉血、止血、清热解毒，还有燥湿敛疮、消肿止痛的功效。多用于湿热下注所导致的痔疮、内痔、混合痔等等，也可以治疗部分出现便血、肿胀、疼痛的痔疮。肛泰栓是一个甲类的非处方药，也就是说必须要在药师的指导下才能够使用。
马应龙麝香痔疮膏是一个纯中药材制成的制剂，也具有清热燥湿、活血消肿、去腐生肌的功效，也适用于这个湿热、瘀阻所导致的痔疮、肛裂等等。马应龙麝香痔疮膏是乙类的非处方药，在经过批准的商场就可以买得到，使用更方便，相对来说安全性能更好。两个药都是如果用药三天以后症状没有缓解，就应该及时到医院就诊。所以对于两个药的选择要根据患者的情况，因为每个患者情况不太一样，根据自己的情况来做相应的选择。
