临床上不明原因的肺栓塞与其它原因明确的肺栓塞的治疗是相似的，只是原因明确的肺栓塞要针对病因治疗，原因不明的肺栓塞治疗分为两大类：

第一、以抗凝治疗为主，口服以利伐沙班为代表的新型抗凝药物治疗，一般口服抗凝药要3-6个月。口服停止时要复查肺动脉CTA明确血栓是否存在，如血栓继续存在，抗凝药要继续口服。

第二、对于急性不明原因的肺栓塞，特别是大面积的肺栓塞，患者有严重的临床症状，甚至出现危及生命的情况，要介入下进行肺动脉溶栓或者是吸栓，同时建议行下腔静脉滤器植入术，防止下肢血栓进一步脱落而加重肺栓塞的症状。有些肿瘤患者还可能因癌栓脱落造成肺栓塞，此时也应重视强肿瘤疾病的治疗。