特异性肠炎和非特异性肠炎区别就是是否有明确病因，一般特异性肠炎有明确病因，比如细菌性肠炎、伪膜性肠炎、病毒性肠炎、放射性肠炎等，都是有明确病因的一类肠炎。而非特异性肠炎没有明确病因，考虑由免疫系统疾病导致，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等等。所以，二者最大区别就是是否有明确病因。
治疗起来相对来说也差别很大，特异性肠炎都是选用针对性药物。细菌性肠炎，根据药敏结果，选取敏感抗生素进行治疗，病毒性肠炎给予抗病毒治疗。如果是伪膜性肠炎，选用抗真菌类药物进行治疗。而非特异性肠炎，一般是由于免疫系统疾病导致的不明原因肠炎，建议给予激素或者是免疫制剂，也可以选用一些对氨基水杨酸等药物进行治疗。
