生殖器疱疹的治疗，一般采用全身性的抗病毒治疗，结合局部的创面处理，这样好得会比较快。全身性的抗病毒治疗，主要是指口服的抗病毒药，比如阿昔洛韦、伐昔洛韦或者泛昔洛韦。疗程和剂量一般遵医嘱执行即可，如果疼痛明显，可以口服阿司匹林、布洛芬等，可以帮助缓解疱疹疼痛。局部治疗包括局部的清洗，比如用生理盐水、洗必泰溶液，或者硼酸溶液进行伤口创面的处理。如果合并抗生素和抗真菌药物，可以治疗继发的细菌或者真菌性感染。外用抗病毒药剂，比如阿昔洛韦乳膏或者喷昔洛韦乳膏，也可以促进疱疹创面的愈合。
初发的生殖器疱疹患者经过治疗以后，全身症状消失，皮损消退即为临床治愈。大多数人三周左右时间就足够了，但是本病容易复发，尤其是初发感染以后的一年以内复发会较为频繁，生殖器疱疹单纯疱疹2型感染比单纯疱疹1型感染更容易复发。平时要注意饮酒、辛辣刺激食物、疲劳、感冒、焦虑、紧张，这些因素是诱发复发的很重要因素，所以平时注意这些方面的预防，有助于减少复发的次数。
