如果肾脏和输尿管都有结石，则建议到医院进行检查评估，甚至必要时需要进行住院手术治疗。
原则上先处理输尿管的结石，输尿管的结石直接会导致输尿管的梗阻，会产生右肾积水和腰痛的症状，而且输尿管的结石如果没有排出，则肾脏结石也不容易排出。甚至在治疗的过程中，结石完全累及在输尿管之内形成有石阶，这时往往很难进行处理，所以需要了解肾脏结石和输尿管结石的大小、位置，来决定如何治疗。
如果肾脏内的结石比较小<1cm，输尿管的结石也<1cm，则建议选择体外冲击波碎石，先碎输尿管的结石，然后再处理肾脏的结石。但是如果输尿管结石>1cm、肾脏结石>2cm，则往往体外冲击波碎石效果比较差，建议患者住院进行输尿管镜钬激光微创手术治疗。
