高位复杂性肛瘘有一定复发率，根据国内外文献报道，我国肛瘘术后复发率大约为3%-18%。在有经验的肛肠中心，肛瘘术后复发率较低，仅为2%-3%，术后复发原因有很多：
1、比如内口是病变发生的根源，由于疾病本身的复杂性，可能有很多个内口，如果没有处理好内口或者处理时有遗漏，可以导致复发；
2、术中有支管残留，手术中根本探查不到；
3、比如术后换药不到位形成假性愈合；
4、瘘管的位置太高，为保护肛门功能，在切开引流的时候没有进行根治术；
5、一些疾病容易诱发肛瘘，如糖尿病、炎症性肠病、结核病，没有积极治疗，或者原发病治疗不彻底，可以导致复发。
排除手术的原因，肛瘘是由肛腺感染引起的，手术治疗后的肛腺通常不会再发肛瘘，而没做手术的肛腺还有再感染的风险，所以严格上讲不能称之为复发，只能说是再发。所以我们一定要注意保持肛门卫生，注意生活上饮食清淡，规律作息，以防止肛瘘的再发和复发。
