肝胆管结石治疗以后容易复发，根据采取的治疗方法不一样，复发情况也不一样。对于局限性的肝内胆管结石，有纤维化、有萎缩时，可以将癌变部分肝脏切除后复发率较低。除非在其他地方再出现结石，再出现结石可能和胆胰流出道相关，和肝脏关系不大。
还有一部分病人不是做肝脏切除，患者肝脏没有萎缩、没有纤维化，进行取石复发的主要的原因是狭窄存在。肝内胆管结石取完以后狭窄没有解决，狭窄是肝胆管结石复发很重要的原因，而肝内胆管狭窄是现在肝胆外科的难题。因为狭窄解决以后会再狭窄，所以狭窄问题难解决，结石复发很难解决。
很多病人为了防止复发把这肝脏切除，因为肝内胆管结石很少局限在肝段上，往往都是弥漫型。左右肝都有病变时要考虑胆胰流出道的问题，有没有低位和高位胆胰合流异常，可以通过磁共振、测胆汁中淀粉酶、ERCP进一步诊断。所以肝内胆管结石是很大的题目、很大的内容，治疗起来比较复杂、比较难。
