门静脉血栓形成的治疗也可以分为基础治疗、介入治疗、外科治疗。基础治疗可以采取抗凝药物，比如华法林类药物进行口服。
如果患者的门静脉血栓形成非常严重，形成了肠系膜上静脉血栓，导致整个肠道血液回流受阻，需要采取介入或者外科的手段干预。介入手段最常见有两种，一种是通过动脉途径，一种是通过静脉途径。
通过动脉途径可以把导管放到肠系膜上动脉，从导管内注入尿激酶进行溶栓；静脉途径，需要穿刺肠系膜上静脉，通常是经过TIPS路径，将导管直接放到肠系膜上静脉内进行溶栓。如果患者出现肠坏死征象，不得不选择外科手术切除，比如切除坏死肠段，才能保证患者存活。
