中药和西药都可以治疗结缔组织病，具体选择使用哪种治疗方法，要依据具体结缔组织病种类以及病情轻重程度而定。如结缔组织病中系统性红斑狼疮是一类危害性较大的疾病，由于可造成机体多脏器、系统损伤，因此治疗中必须使用激素与免疫抑制剂尽快控制病情，单用中药难以彻底控制病情进展。而对于以纤维肌痛综合征为代表的结缔组织病，由于不会造成脏器、系统损伤，也无异常炎症指标，单纯以疼痛症状为主，因此可以采用中药治疗。
此外同一种疾病采用中药、西药治疗也具有一定的选择性，如干燥综合征单纯以口干、眼干为主要表现，不存在重要脏器损伤，可以用中药治疗；但若存在重要脏器损伤，则必须加用激素与免疫抑制剂。因此采用中药还是西药治疗结缔组织病，并不是一成不变的，中西医结合可以治疗大多数结缔组织病，在具体治疗中应在医师的指导下选择，以尽早控制病情为主。
