一代试管婴儿和二代试管婴儿，在适应症和操作上都是有区别的。
首先是适应症，一代试管婴儿主要是针对中度和部分重度的男性少弱精子症，以及轻中度的畸形精子症进行的助孕手段，同时女方的适应症包括反复的人工授精助孕失败、子宫内膜异位症、多囊卵巢综合征、输卵管梗阻等。二代试管婴儿属于一代试管婴儿技术的补充和衍生，主要针对的是男性的重度少弱精子症、梗阻性无精子症和严重畸形精子症以及反复IVF受精失败的患者。
其次在技术操作上，一代试管婴儿是把精子和卵子放在培养液中，两者自然状态下结合完成受精过程以及后期的分裂过程。二代试管婴儿是人为的选择形态和活力比较好的精子注射到卵子的胞浆内完成受精过程，后面的分裂过程和一代试管婴儿一样。
两者在妊娠率、胚胎分裂过程、优质胚胎的比例，以及子代的安全性方面没有明显区别。
