在妊娠早期发现卵巢囊肿，应先做肿瘤五项的检查，评估囊肿的良恶性。若考虑囊肿为良性，并且囊肿大于五公分，可考虑在孕14周后行囊肿剥除术，并送病理检查，术后给予安胎治疗。若卵巢囊肿在中孕期未行手术。随着子宫增大，手术将变得很困难，应给予观察，有腹痛症状，考虑为卵巢囊肿发生蒂扭转、破裂或坏死的，应及时手术治疗。若为恶性肿瘤，则应及时终止妊娠，手术治疗。
在分娩期，若卵巢囊肿阻挡胎先露部下降，则不能经阴道分娩，需行剖宫产术，术中可考虑行卵巢囊肿剥除术，若卵巢囊肿不影响顺产，可先行阴道分娩，再治疗卵巢囊肿。
