肛周脓肿术后有大约10%会复发，因为肛周脓肿和肛瘘在肛肠科对手术的方式、手术要求相对比较高。因为肛周脓肿的发病原因，是通过肛门内肛腺感染以后形成的感染，而且肛门周围有很多复杂的腔隙和肌肉。在手术的过程中，术前诊断和手术的过程中，没有完全把腔引流通畅，或者没有找到腔，会严重影响手术结果。
在术后愈合的过程中，初期可能伤口慢慢在向前生长，一般生长到20天左右，专科的医生会通过分泌物，患者的疼痛感觉做出初步的判断手术是成功还是可能要复发。会做进一步的检查，比如核磁、CT。如果能在愈合的中期发现复发，再进行一次的手术，相对不会耽误愈合时间。如果很长时间以后才能断定是复发，这对患者影响和损伤比较大。
