肾囊肿有可能会影响肾脏的功能，常见于多发性肾囊肿或者多囊肾，这种情况下肾脏被多种囊肿包裹或者破坏，造成肾实质的损害或者有效肾单位的损害，就会造成肾功能损害，尤其是先天性多囊肾病变，最终不可抑制地导致肾实质破坏而发生肾功能衰竭。
后天性肾囊肿也称为单纯性肾囊肿，并不会对肾脏产生明显的损害，进展非常缓慢，体积也不大，一般不会对肾脏实质产生压迫和损坏。除非是体积逐渐增大已经造成肾实质损害，此时可能会出现肾功能异常，但是一般后天性肾囊肿都为单发单侧病变，所以对侧肾功能指标正常不会对肾脏的功能产生任何影响。肾囊肿需要进行CT检查，CT可以很明确判断囊肿的数目、大小及其对肾实质有无损害，进一步评估以后对肾功能的影响。
