小三阳有一部分患者可以转阴，有些则不能转阴，是否能转阴取决于乙肝病毒为急性感染还是慢性感染。慢性感染的人群，还取决于病毒载量，即HBV-DNA数量、HBsAg定量，以及所选择的抗病毒药物种类及自身免疫力等多种因素。
1、急性乙肝病毒感染：如果是青少年及成人感染，约90％-95％可以转阴，主要通过自身的免疫力清除病毒，婴幼儿期感染70％-75％可以转阴。而围生期感染绝大多数会转为慢性，仅10％可以转阴；
2、慢性乙肝病毒感染：能够实现转阴者仅为一少部分，大部分不能获得转阴。极少数患者可以通过自身的免疫力实现转阴，少部分患者可以通过治疗实现转阴。HBsAg滴度较低、HBV-DNA低水平、转氨酶水平升高5-10倍的人群，在口服抗病毒药物的基础上加上长效干扰素抗病毒治疗，有希望实现转阴。经过上述治疗没有实现转阴的患者，还需要长期口服抗病毒药治疗，并定期到医院复查，以防免疫力发生改变，引起肝损害。
