检查头部做CT和磁共振(MRI)检查各有优缺点，各自适用于不同病症，无法简单的说明谁更好，具体方式的选择需要结合患者自身病症，再结合医生诊断进行选择，但无论是哪一种检查，都需要医生开具医嘱后方可进行。
CT检查适用于各种急性病发，需要抢救的患者，是急诊的首选检查，尤其适用于颅骨骨折、脑出血、颅脑肿瘤、炎性病变、先天性畸形、血管性病变以及钙化性疾病的患者，这类疾病的患者CT的显示价值优于磁共振。而且对于体内存在金属的患者来说，通常无法选择磁共振检查，此时CT就会凸显出优势。
而磁共振则更适用于急性期脑梗死、脑炎、脱髓鞘疾病、动脉肿瘤、脑白质病变、血肿、脑部先天性异常以及中枢神经系统性疾病，可以更准确的观察病变与邻近血管的关系，还可以多方位、三维成像，可以更仔细、直接、准确的定位出病变部位的性质、恶化程度等，这类疾病的患者磁共振成像优于CT。
另外，CT还具有检查时间短、出结果较快、费用较低的优势，对于明显的占位性病变使用CT检查即可。而磁共振的优势在于仪器更精密，图像更精细，对软组织分辨力更强，还可以多参数、多方位成像，能够检查出更细微的病变，但费用相对更高。
