肠结核的治疗时间与肺结核相似，早期发现并及时进行规范的抗结核治疗，谨遵医嘱，坚持规律服用药物，大多数患者可以治愈。一般情况下需要治疗6-9个月，有的患者甚至需要治疗1年以上。

目前在临床上肠结核首选化学药物进行治疗，合并肠出血、肠穿孔以及肠梗阻等情况，可能需要进行手术治疗。肠结核常用的治疗药物包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素等。对于初治患者标准化疗方案的持续时间通常为6个月，分为2个阶段，即2个月的强化期和4个月的巩固期；复治患者标准化治疗方案通常为8个月，也分为2个阶段，3个月的强化期和5个月的巩固期治疗，在治疗过程中医生可根据患者的具体用药情况适当进行调整。患者抗结核治疗过程中需要每1-2周复查一次血常规、肝功能、肾功能、血尿酸等，观察药物的毒副作用，每1-2个月复查钡餐透视、肠镜，以判断药物的疗效。

早诊断、早治疗，以及合理选择抗结核药物，保证足量、足疗程治疗，是决定预后的关键。当病变早期及时治疗后可痊愈，一般预后良好，不会影响寿命；若伴有严重并发症，一般预后较差。患者在生活中还要注意少食多餐，多进食软烂、易消化、有营养的食物，以米面为主，适量补充蛋白质，不要吃果仁、辣椒等食物，戒烟酒。