颅骨缺损的治疗是施行颅骨修补术，但对手术的时机、方法和选用的材料以及适应证与禁忌证均须认真考虑，特别是病人要求修补颅骨缺损的目的，希望解决什么问题。因为单纯的颅骨成形术对脑外伤后功能性症状、精神障碍和外伤性癫痫等表现的治疗效果是难以预测的。
　　通常颅骨缺损直径小于3cm者多无症状，施行颞肌下减压术或枕下减压术后，有肥厚的肌肉及筋膜覆盖并在缺损区可以形成坚韧的纤维性愈合层，起到原有颅骨对脑的保护作用，在临床上亦无任何症状,通常不需要颅骨修补。直径3cm以上的缺损,特别是位于额部有碍美观和安全的缺损，常有这样或那样的症状，如头昏、头痛、局部触痛、易激怒、焦躁不安等表现;或者病人对缺损区的搏动、膨隆、墙陷有恐惧心理，怕晒太阳、怕震动甚至怕吵闹声，往往有自制力差、注意力不易集中和记忆力下降;或有抑郁、疲倦、寡言及自卑;或因大片颅骨缺失造成病人头颅严重畸形，直接影响颅内压生理性平衡，直立时塌陷，平卧时膨隆，早上凹人、晚上凸出;或因大气压直接通过缺损区作用在脑组织上.久而久之则势必导致局都脑萎缩，加重脑度损症状，同时，患侧脑室也逐渐向缺损区扩张膨出或变形。这种情况下应当考虑行修补手术。此外，小儿颅骨缺损可随着脑组织的发育而变大，缺损边缘向外翻，凸出的脑组织也逐渐呈进行性萎缩及囊变，所以小儿更需要完整的颅骨保证脑的正常发育。
　　目前公认的手术指征为：
　　颅骨缺损直径大于3cm者
　　缺损部位有碍美观
　　引起长期头昏、头痛等症状难以缓解者
　　脑膜-脑瘢痕形成伴发癫病者(须同时行痈灶切除术)
　　严重精神负担影响工作与生活者。对初期清创不彻底、局部已感染、颅内存有病灶及颅内压增高的病人，暂勿施行颅骨成形术。另外,部分全身情况差、神经缺损严重、不能自理生活者;或缺损区头皮菲薄有大片瘢痕者，亦勿急于修补，可外盖局部头盔暂时保护,待条件成熟后再考虑成形手术。
　　颅骨缺损修补的时机，应视病人的全身和局部情况而定:
　　闭合性颅骨骨折、头皮完整及损伤较轻，脑损伤不重者，可在凹陷粉碎骨片清除同时行-期颅骨成形术。但术后仍需警惕有感染可能，
　　一般无感染伤口，在伤后3~6个月行颅骨成形术,对于感染伤口,应视感染范围及程度而定，最快也须待伤口完全愈合6个月以上方可考虑修补。
　　颅骨缺损部有广泛头皮瘢痕时,手术宜分期进行。
　　小儿颅骨缺损不宜于5岁以前做修补。因小儿大脑发育较快，特别是3周岁以内头围增长迅速，过早修补后将会发生缺口不合。且幼儿虽有骨质缺损，只要其骨膜、硬脑膜存在，可重新再生长骨质，所以不急需修补。5岁以后,头颅增长明显减慢，即可行颅骨修补。