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一般而言，颅骨修补通常不建议用自体骨进行修补，尤其是去骨瓣减压手术后留下的自体骨。正常情况下，去骨瓣减压手术后半年后才可以做颅骨修补手术，这段时间的自体骨保存就是一个很严重的问题，而且在许多情况下，自体骨在移植后可能被吸收，也存在自体骨结构形状固定、成形困难等问题。也就是说自体骨不易保存，同时存在骨质吸收等缺点，临床使用会受到限制，因此临床上不建议用去骨瓣减压手术后留下的自体骨来修补颅骨。
随着医疗水平不断进步，颅骨修补材料的选择也更加优越，而不仅仅只有自体骨这一个选择。目前比较合适的颅骨修补材料首选是钛网材料和聚醚醚酮材料，其中医学上采用最多的颅骨修补材料是peek（聚醚醚酮）材料。Peek材料是目前先进的治疗颅骨缺损的材料，同时也是比较适合选做颅骨修补手术的材料之一。聚醚醚酮是一种与人体自身颅骨相当的高分子材料，生物相容性更高，虽然坚固但是很有弹性和韧性，抗冲击能力更强，防护性能更好，舒适度也更高。因此，若是需要进行颅骨修补，选择材料时还需根据个人实际情况选择。
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