隐匿性阴茎手术属于不大不小的手术，手术有一定的风险，不过总体来说，出现危险的概率还是比较低的。下面是可能出现的风险和并发症。
　　1、首先是麻醉意外，严重的可能引起呼吸、心跳骤停。手术前麻醉医生也还会再谈麻醉风险的事情。其实出现麻醉意外的可能性很小，尤其是在大型医院，手术多的医院，低于千分之一，但仍然是有可能发生的，要注意以下几点：麻醉前禁食很重要，手术前要禁食（包括水）6-8小时，这样胃基本是空的，不容易呕吐，误吸，手术不能在咳嗽，流鼻涕，呕吐，腹泻，发热等情况下去做手术。麻醉师在麻醉谈话前会问相关问题，不能隐瞒！
　　2、手术后阴茎勃起后出血，小鸡鸡是一个很特殊的组织，术中医生都会止血很彻底，但是小鸡鸡勃起、拉小便或是拉大便用力，都可能引起阴茎充血，小血管破裂导致出血，一般出血的概率5%左右，这其中大部分又是少血出血，经压迫、消毒等即可止住，极少部分需要再次到手术室止血。
　　3、手术切口感染、化脓。包皮手术切口是II类手术切口，我们用的是美容针线，美容缝合，一般不拆线不换药，但是切口在尿道口，靠近肛门的位子，可能出现切口红肿、感染、化脓等情况，但总体来说，手术切口感染不多见。由于包茎的宝宝包皮和阴茎头粘连紧密，分离面是个比较大的创面，会有比较多的黄色渗液，形成痂皮或是血痂，这种情况不算是感染。
　　4、手术后排尿疼痛，因为手术切口在阴茎，阴茎神经分布密集，痛是多少都会有的，这个手术大部分宝宝会有留置导尿管，术后3-7天拔除导尿管。
　　5、手术后阴茎水肿，包皮口狭窄，外观不理想。由于宝宝包皮组织的特点，包皮水肿是一定会发生的，只是有的宝宝水肿厉害点，有的很轻微，一般1-2周消退。有疤痕体质的宝宝可能出现包皮口疤痕收缩导致狭窄，外观不理想。
　　6、手术前包皮不能充分上翻，不能明确龟头有无畸形，如包皮口扩大后发现尿道有先天畸形，需要停止该手术。
　　7、手术后隐匿型阴茎复发，这种情况少见，主要跟宝宝包皮太少，阴茎较长时间勃起有关系。
　　其他术前无法预料的意外事故情况，每个宝宝的个体差异是很大的。