“小三阳”自愈转阴的几率较低，年发生率仅为0.5％-1％，且整个转阴过程所需时间个体存在差异性，不能一概而论，无明确时间。
多数“小三阳”患者可通过治疗后转阴。采取不同的抗病毒治疗方案，转阴的比例也有所不同：采用聚乙二醇干扰素抗病毒疗法，治疗48周后，小三阳转阴率约3％；聚乙二醇有后续效应，停药三年后，转阴率可达8％；单纯口服核苷（酸）类似物（恩替卡韦、替诺福韦酯，丙酚替诺福韦酯）表面抗原转阴率低于3％。目前，口服核苷类似物联合长效干扰素使得表面抗原转阴率大幅提高，但占整体乙肝人群仍不足20％。
此外，小三阳病毒携带者，若没有自觉症状，且肝功正常，没有肝脏的纤维化，则不需要治疗，临床上属于免疫耐受期，一般不会影响正常生活。
