打蛔虫的最佳时间是在每年的秋末，药物服用的时间应当在睡前1小时左右。
秋季是瓜果成熟的时期，加上秋季气温尚偏高，蚊蝇活动频繁，是导致传染病、寄生虫病发病的主要时期。这个时期蛔虫的虫卵会随着蚊蝇污染到食物，达到间接的粪-口传播。蛔虫的幼虫定居于小肠，发育成成虫约需2-3个月时间，所以在秋末时期感染蛔虫的几率较高，此时是打蛔虫的最佳时间。另外，人睡觉的时候肠道蠕动相对较慢，服用打蛔虫药物后药物在肠道内停留时间相对较长，其药物浓度较高，可以起到有效的杀死虫卵以及成虫的目的，达到最佳的驱虫效果。
此外，秋季以外的时间也有感染蛔虫的可能，因此打蛔虫的时间也不是一成不变的，需要根据其症状、有无排虫现象以及医院的诊断来决定。
