一般情况下，胎儿心脏畸形最早可于五个半月检查出。
检查胎儿畸形的最好时机为怀孕22-24周，即5.5-6个月之间。此期间胎儿的各个器官发育成熟并且子宫空间比较大，胎儿的体位容易发生改变，能够较好的观察到心脏各腔室以及瓣膜的发育情况，有利于胎儿畸形的筛查。因此，若需明确胎儿是否存在心脏畸形，建议在怀孕22-24周至超声科进行胎儿畸形筛查。其可检查出明显的畸形，如心脏外翻、法洛氏四联症、脑积水、脊柱裂、腹裂以及短肢畸形等。
此外，由于部分畸形发生在孕晚期，如消化系统畸形，因此女性在孕晚期应半个月进行一次孕检。同时孕期应建立良好的生活方式，保持情绪稳定和心情愉快，保证睡眠充足。
