肠镜检查通常需要麻醉，一般不会有较为痛苦的感觉，可以耐受。
一般肠镜检查分为软管镜和硬管镜。硬管镜需要从肛门进入肠腔，无需做特殊准备，可能会有一定不舒适的症状。而乙状结肠镜和直肠镜检查，需要做灌肠或者用开塞露，病人的大便排干净后即可进行检查。一般医生操作较为轻柔，不会有特别痛苦的感觉。如果操作比较粗暴，可能有肛门坠胀感或腹痛的症状。而结肠镜检查的镜子比较长，大约有80-90cm，检查过程病人会有一种胀疼的感觉，但90%左右的人都可以耐受。随着医学的发展，目前已出现无痛肠镜，患者的痛苦可进一步降低。
一般肠镜检查的时候需要特别注意保持深呼吸的状态，放松心情。检查前按照医嘱进行相关准备工作，避免吃一些难以消化的食物。
