肉毒素本身是一种能够溶解皮下组织脂肪的药物，通过注射器的方式注射进腋下，可在一定程度上破坏腋下的皮下组织，从而破坏大汗腺，防止其持续分泌带有气味的液体。
一般情况下，肉毒素去狐臭是没有副作用的。若医疗人员操作不当，刺破腋下血管，可导致血肿现象。这种情况应立即冰袋按压以缓解症状。若注射过深伤及腋下肌肉层，会导致抬臂异样感，大多可在2-4周内自行缓解，症状较重时需要及时就医治疗。选择专业正规的医疗美容机构，可以有效避免副作用。
此外，肉毒素注射去狐臭的效果显著，但不是永久性的，通常效果可保持在6个月左右，再次注射时间间隔6个月为宜。但这种情况容易造成狐臭反复发作，一般不作为一线治疗手段。最理想的治疗手段就是选择使用开放性手术或者微创手术的方式，把腋下汗腺破坏。
