结肠镜检查患者的疼痛总体水平一般。临床研究显示，结肠镜检查是否疼痛及疼痛的轻重，在同等肠镜条件下与检查方法、检查者的熟悉程度、病者个体情况等因素有关，不可一概而论。
目前我国结肠镜检查主要使用单人操作检查，检查过程中患者可感觉到轻微腹痛。对于精神特别紧张或有腹部手术肠粘连的患者，以及年龄较小的儿童可以在麻醉下进行无痛结肠镜检查，患者可在十多分钟内完成检查，检查过程中通常无痛苦，并且风险较小，但检查费用会有所增加。
另外，检查医生操作的水平对患者的疼痛有一定的影响，若医生操作水平较高，会尽量减少肠镜牵拉肠道壁的次数，减轻患者的不适程度。而经常便秘的患者结肠冗长，弯曲较多，因此疼痛感较腹泻患者重。
有腹部及盆腔手术史的患者，若需要进行结肠镜检查，则应找有一定操作经验的医生，可以在一定程度上降低不适感。如果难以接受普通内镜者应当选择进行无痛结肠镜检查。
