巧克力囊肿可能会影响怀孕。卵巢巧克力囊肿属于卵巢型子宫内膜异位症，约80%病变累及一侧，50%的病人双侧卵巢受累。异位的子宫内膜因周期性出血，进而导致卵巢增大并形成单个或多个囊肿。囊肿的直径多在5-6cm，最大者直径可达25cm左右。囊肿内含有褐色黏稠的陈旧性血液，其性状类似巧克力糊，因此称为卵巢巧克力囊肿。在巧克力囊肿破裂后，其内容物可刺激局部腹膜，发生局部炎症和组织纤维化，导致卵巢与周围组织紧密粘连，使卵巢固定在盆腔活动受限，如导致输卵管粘连或闭锁，可导致患者不孕。
此外，较大的卵巢子宫内膜异位囊肿发生破裂时，其内容物流入盆腔，患者可出现突发性剧烈腹痛，伴有恶心、呕吐等，而引起急腹症。因而对于较大巧克力囊肿，并造成不孕时，可选择手术治疗如腹腔镜手术切除病变部位，并在术后尽早妊娠。而对于较小的巧克力囊肿，其对生育影响较小，可以在产科医生的指导下积极备孕。
