羊水穿刺具有一定的风险，具体如下：
1、羊水穿刺属于有创检查，是使用细针穿刺进入羊膜腔，会造成孕妇出血、出血性休克、羊水外流、流产及伤及胎儿的可能；
2、子宫畸形、胎盘位于前壁、腹壁太厚、羊水过少等原因，可能会导致羊水穿刺失败；
3、由于羊水细胞培养系脱落细胞体外培养受羊穿时间、标本是否混血、培养基污染等多种因素影响，羊水培养有失败的可能，有时因为崁合体而不能诊断；
4、受现有医学技术水平的限制，羊水生化检查、细胞学和分子遗传学分析有时难以确诊，需进行进一步检查。如羊水穿刺虽然可以排除拟诊断染色体异常的疾病，但有时难以分辨染色体的某些微小异常，也不能排除一些多基因病或其他原因导致的胎儿畸形或异常；
5、如术前孕妇存在隐形感染或术后卫生条件不佳，有发生宫内感染的可能；
6、若孕妇合并心脑血管疾病，由于疼痛、紧张等刺激，有发生心脑血管意外的可能。
