胃间质瘤的预后与发现胃间质瘤时的早晚及肿瘤本身的复发危险度有关，同时受靶向药物甲磺酸伊马替尼的影响。
　　胃间质瘤是消化道最常见的间叶组织来源的肿瘤，具有恶性潜能，肿瘤的危险程度与肿瘤部位、大小、肿瘤细胞核分裂像及有无远处结转移有关。胃间质瘤唯一能治愈的方法是手术切除。对于间质瘤高复发风险患者，术后复发转移率高，可达55%-90%，80%患者在术后1-2年内有局部复发，半数可同时出现肝转移，虽可再度切除，但难以提高生存率。如果发现时肿瘤较小，核分裂像少，原发灶能彻底手术清除，5年生存率约为50%-65%，原发灶不能彻底清除且转移者5年总生存期＜35%，原发灶不能切除者总生存期为9-12个月。对于术后间质瘤复发患者完整手术切除患者的中位生存期为54个月，不能完全切除患者中位生存期为5个月。甲磺酸伊马替尼是治疗药物敏感胃肠道间质瘤患者的特效药，对于术后复发或转移的胃间质瘤患者能有效的提高生存期。
　　总之，发现胃间质瘤后不要紧张，及时进行有效的治疗，预后尚佳，应保持积极乐观的心态，以乐观的心态去面对。