婴儿湿疹病因尚不完全清楚。大部分临床医生的共识是认为本病的发生婴幼儿特应性皮炎的发生原因接近，主要与遗传因素、免疫因素和环境因素三个方面有关。
　　遗传因素被认为是婴儿湿疹的主要原因，有研究显示父母一方有特应性皮炎者，其子女出生后3个月内发病率可达25%以上，2岁内发病率可达50%以上，如果父母两人都同时有过此类病史，他们的下一代患病率可高达79%；双胞胎的孩子其中一个患有湿疹，另外一个经常也会罹患。
　　免疫因素也被认为是婴儿湿疹发生的重要因素，由于婴儿体质的原因，婴儿免疫力低下不能抵御外界环境的刺激，常易发生过敏反应而导致湿疹的发生。
　　环境因素主要指生活环境，包括婴儿的饮食（牛奶、鸡蛋、鱼虾、牛羊肉等食物中的异种蛋白成分，食品添加剂、防腐剂、保鲜剂，饮料等可作为过敏原而引起湿疹）、气候变化(周围环境中的花粉是重要的致敏物质)、室内环境（一般尘螨也是过敏反应的重要原因）、衣着被褥以及洗护用品等，也可刺激发病。婴儿湿疹大多预后较好。但是，婴儿湿疹往往是儿童过敏性（变应性）疾病的早期表现，其原因可能是遗传环境等因素和免疫因素共同作用的。