生化妊娠是指精子和卵子结合后被运输到子宫腔内，并在子宫腔的内膜种植，在超声能够看到前停止发育，约占早期流产的2/3。引起生化妊娠的原因有很多，不只是卵子和精子的问题，其他方面的问题，包括母亲疾病、环境因素等都可以导致生化妊娠。
　　正常情况下，精子与卵子在输卵管内结合成受精卵后不断地分列增殖，在输卵管纤毛上皮细胞的纤毛摆动和输卵管蠕动下向宫腔方向运行，第四天进入宫腔，并着床进入子宫内膜。受精卵一般在受精后第6-7天着床，并开始分泌人绒毛膜促性腺激素（HCG），着床后的胚胎不断地分裂增殖，发育成囊胚。而生化妊娠主要是胚胎着着床经历定位、附着及植入3个阶段，其中任何环节出现问题，都可能导致着床失败或着床后停滞细胞的分裂增殖，进而发生生化妊娠或流产。因此，精子问题只是引起生化妊娠的其中一个因素。有研究表明，男性的年龄及精液质量与生化妊娠的发生有关。
　　生化妊娠的发生与子宫内膜厚度、母体激素水平、卵子质量、胚胎染色体、母体年龄、既往有生化妊娠或流产史、母体免疫因素、男性年龄和精液质量等有关，精子问题只是其中一个原因。一般生化妊娠患者不自知，以为是正常月经来潮，并且生化妊娠的发病原因也不易查明。生化妊娠不影响下次怀孕，只有反复生化妊娠的孕妇需要检查生化妊娠的原因并需要进行治疗。