需要根据具体的适用人群和治疗的疾病才能确定服用磷酸哌嗪宝塔还是肠虫清哪个好。宝塔糖是用于治疗儿童蛔虫和蛲虫感染的，而肠虫清（阿苯达唑）不适用于2岁以下的孩子，所以如果是2岁以下儿童用药，选择口服宝塔糖比较好。此外在安全性上来说，肠虫清（阿苯达唑）的安全性要高于宝塔糖，它的不良反应和毒性更小，所以如果是2岁以上儿童或者成人用药建议选择口服肠虫清。
磷酸哌嗪宝塔用于治疗儿童蛔虫及蛲虫感染。磷酸哌嗪宝塔糖具有麻痹蛔虫的作用，使蛔虫不能附着在宿主肠壁，随肠蠕动而排出。除此之外，磷酸哌嗪宝塔糖对蛲虫亦有驱虫作用。但由于宝塔糖对人体（特别是儿童）具潜在神经肌肉毒性，应避免长期或过量使用。
肠虫清是阿苯达唑片，主要成分是阿苯达唑。用于治疗蛔虫病、蛲虫病。肠虫清是一种广谱驱虫药，作用机制是抑制寄生虫对葡萄糖的吸收，导致虫体糖原耗竭，致使虫体能量代谢障碍。临床主要用于治疗蛔虫、蛲虫、钩虫、鞭虫及粪类圆线虫所引起的单种或混合肠道寄生虫感染，此外，它还具有杀灭人体内肠道寄生虫的虫卵和幼虫的作用。
