现代医学对十二指肠溃疡的研究已经非常透彻，设计和发明出很多治疗药物。但真正革命性的治疗变化是发现了幽门螺杆菌是十二指肠溃疡的发病原因，因此抗幽门螺杆菌治疗是治愈十二指肠溃疡的首要方法。
　　由于还没有单独哪一种药物可以根除幽门螺杆菌，所以专家研究的结果是采用多种药物联合来治疗，一种是抑制胃酸分泌提高幽门螺杆菌对药物敏感性的拉唑类（奥美拉唑，兰索拉唑，雷贝拉唑，等），配伍具有抗幽门螺杆菌并可以保护黏膜的含铋制剂（枸橼酸铋钾或胶体铋）。另外配伍两种抗生素（阿莫西林，甲硝唑，克拉霉素，氟喹诺酮，四环素，呋喃唑酮中的两种）。
　　原则虽然简单，但患者的具体情况不同，比如以往是否治疗过，用过哪些药物，是否有过敏或其他基础疾病等，药物的选择和配伍是灵活掌握的。原则是力求最大可能的根除效果，避免随后出现的耐药，因我国的抗生素应用比较普遍，耐药情况也比较普遍，因此抗菌治疗应慎重评估后进行。不建议患者自行选择药物服用。
　　即使抗幽门螺杆菌治疗后已经根除了细菌，十二指肠溃疡患者也有可能在一段时间内仍然有腹痛，腹胀，反酸等症状。应采用对症治疗的原则，用些拉唑类，H2受体拮抗剂（法莫替丁，雷尼替丁等）；黏膜保护剂（铝碳酸镁，吉法酯，替普瑞酮，等）对症治疗。
　　所以，十二指肠溃疡的药物治疗，需要根据患者情况制定个性化方案，并长期坚持，如此才能取得最好疗效。