去除疣体通常需要采用物理治疗，比如激光或者液氮冷冻的方法来治疗病毒疣，去除疣体后需要外涂干扰素凝胶，外涂的时间看具体的疣体的类型。
如果是扁平疣，至少外涂2周，如果是尖锐湿疣，可能要连续外涂1个月以上。主要是由于尖锐湿疣是一种性传播性疾病，特别容易复发，而且发生的部位通常见于外生殖器或者肛周等部位，上述部位本身就容易潮湿，病毒也容易复制，外涂干扰素的时间需要更长。
采用激光或液氮冷冻治疗以后，不仅需要外涂干扰素，同时也要避免局部的感染，必要的时候可以将夫西地酸钠软膏与干扰素交替外用。对于比较广泛的或者程度比较严重的病毒疣，进行治疗以后，医生可能会肌肉注射干扰素，注射的时间取决于治疗的疾病的类型。
如果是扁平疣，需要连续肌肉注射2周以上，每天或者隔天注射1次。如果是尖锐湿疣，建议连续注射1个月，才能避免复发。
病毒疣之所以容易复发，是由于很多看不见的病毒仍然残留在病变周围，所以建议同时做光动力治疗，将光敏剂外涂于皮损的部位，经过2-3个小时以后，能够被感染HPV病毒的细胞所吸收，再用特定波长的光源进行照射，能够清除肉眼看不见的病毒或者是病变。
