肝穿刺后副作用可能是出现局部疼痛，包括活检部位不适，放射至右肩疼痛和短暂上腹痛，都属正常情况，可适当进行镇痛治疗。只有极少数患者穿刺后出现有临床意义出血，出血可在腹腔内、胸腔内或肝脏内。发生肝脏胆汁外漏或穿透胆囊可引起胆汁性腹膜炎，大多数并发症都发生在活检后3小时内。

经皮肝穿刺活检有100余年历史，近年由于穿刺器械和操作方法改进，并制定严格适应症和禁忌症，使经皮肝穿活检取得较好标本，而且相对安全。