胆汁反流性胃炎的发生，主要是由于部分患者幽门功能失常，处于持续开放状态，或十二指肠动力发生异常，出现逆蠕动。因此在这两种因素作用下，导致十二指肠的内容物有一部分经过幽门反流至胃腔内。

十二指肠内容物当中含有胆汁成分，胆汁内有胆盐以及胆汁酸，可能会造成胃黏膜出现充血、水肿、糜烂等严重性相关的改变，因此在这些胆汁的有害物质的作用下，就会造成黏膜的损伤，进而引起患者在临床上出现相关上消化道症状，比如出现上腹部隐痛、胀满、不适感觉，或者是出现嗳气、不想吃东西、口苦消化不良症状。针对这样的发病机制，往往会使用一些促动力药物，比如多潘立酮、莫沙必利等治疗减少反流发生，同时也可以使用铝碳酸镁，或者熊去氧胆酸等药物，吸附或者减少反流上来的胆汁内的有害成分对胃黏膜损害。