对于偏头痛的患者，发生脑血栓，即缺血性脑血管病的几率是正常人的2倍，偏头痛对于不同的患者，发病率不同，而对于年轻患者、女性患者以及先兆持续时间＞60分钟的患者，更容易导致缺血性脑卒中。目前发现部分存在卵圆孔未闭的患者，可以出现脑部微小栓塞，从而引起偏头痛症状，最终导致脑梗死的形成。
在部分单基因遗传的脑小血管病中，有很多会合并偏头痛的症状。所以患者如果出现偏头痛，尤其是伴有较长时间的先兆性偏头痛，需要警惕是否存在缺血性脑卒中。对于单纯脑梗死，头疼的发生率不是很高。而对于后循环的梗死，则更容易出现头疼的症状。
