阿托伐他汀是常用的降脂药，很多患者需要长期应用，一般多数患者可以耐受，但在长期使用过程中，也可能会对一些器官或组织产生损伤，但发生率并不高。具体如下：

1、肝损伤：患者在使用时，需要注意或关注相关症状、指标，比如长期使用阿托伐他汀，需要注意此药物会导致肝脏损伤，在治疗期间，最好定期监测肝功能的指标，如果出现肝功能的明显异常，通常是转氨酶超过正常上限的三倍或三倍以上，可能需要减停此药物或换用其他的他汀类药物。如果患者在治疗期间，出现肝脏不适或者出现其他的相关症状，比如皮肤或眼睛的变黄，也应该随时到医院就诊，排除药物所导致的肝损伤；

2、肌肉损伤：在治疗过程中，如果患者出现乏力、肌肉酸痛等相关症状，一定及时到医院就诊。另外，在长期使用阿托伐他汀期间，也应该注意监测化验的指标，比如肌酸激酶，如果肌酸激酶超过正常上限的五倍或五倍以上，也需减停或换用其他的他汀类药物。

总之，长期使用阿托伐他汀可能会有某些副作用，需要定期监测相关指标，按照医嘱推荐的用法、用量使用。